InDRE detecta nueva variante de COVID que circula en México

Blanca Valadez – Milenio – jueves, 25 de febrero de 2021

El Instituto de Diagnóstico y Referencia Epidemiológicos (InDRE) informó de una posible variante del virus SARS-CoV-2 que está circulando entre la población mexicana, que tiene como linaje la B.1.1.222 y la mutación T478k, y se encuentra en proceso de analizar su impacto epidemiológico a través del seguimiento clínico de los pacientes.
“Hemos encontrado más de 80 linajes, y lo que más nos llamaba la atención es el genotipo de estaba encontrando el linaje B.1 que se estaba dispersando en toda Europa y América del Norte, pero hemos encontrado la presencia de un linaje en el país, cuando las empezamos analizar vimos la presencia de cambios en B.1.1.222 (se han secuenciado 367) y la mutación T478k del virus. Esta mutación en particular puede presentar un impacto en la respuesta inmune, realmente hemos visto que ha aumentado su distribución”.
“(…) Estas variantes detectadas están circulando también en Canadá y en Estados Unidos, en diversos países de Europa y África, y lo que presentamos es lo que estamos encontrando con mayor frecuencia en el país”, aclaró Ernesto Ramírez González, titular de la Unidad de Desarrollo Tecnológico e Investigación Molecular del InDRE.
El funcionario indicó que esta variante no tiene un nombre específico, pero destacó que no sería correcto llamarle variante mexicana. “Haremos trabajos con mayor con los Institutos Nacionales de Medicina Henómica y de Enfermedades Respiratorias”, abundó.
“Cerca del 80 o 90por ciento de las secuencias que generamos tienen esta mutación, es importante, pero por el momento adecuado llamarle a mexicana”, aclaró.

Ramírez González informó en México se han detectado 17 casos de personas con variantes del virus SARS-CoV-2. Se trata de 10 de la recién identificada y denominada de California; 6 de la denominada de Reino Unido y 1 denominada de Brasil, que fueron identificadas en seis personas de Reino Unido, tres de Tamaulipas y tres en Nuevo León; la de Brasil. P.1, se detectó en una persona de Jalisco, mientras que el resto son de la Ciudad de México.
“De los 70 u 80 casos que hemos secuenciado en febrero, nada más, en el 80 por ciento presenta esta mutación T478k, seguramente hay mayor transmisibilidad, pero se requieren mayores datos de seguimiento epidemiológico, virológico”, explicó.
El especialista detalló que se encontró esta variante, por primera vez, en octubre y han detectado un incremento de este linaje. comenzó con el 5% y ya pasa 87% de las muestras secuenciales con este linaje y esta mutación, detalló.
“Éste es el linaje que está circulando en nuestro país”, precisó. “Los cambios B.1.1.222 y la mutación T478k del virus nos llamaron la atención por su aumento significativo en el país. Ese efecto que estamos identificando, es un aminoácido de interés, sugerimos llevar a cabo los estudios epidemiológicos de esta circulación de esta variante y de su mutación, sugerimos llevar a cabo estudios virológicos, estudios clínicos para ver cuál es el impacto de este hallazgo que estamos reportando en este momento”.
La información ya la subieron a la plataforma Gisaid (datos abiertos genómico de virus) donde México ha aportado la secuenciación de 1 mil 250 muestras.
“Una variante es la acumulación de cambios en la que noma del virus con respecto al original ocasionados por diversos procesos de adaptación y que confieren características diferentes que pueden tener impacto en la salud pública“.
Sobre las muestras enviadas por la Universidad de Guadalajara, en Jalisco, que se señalaba haber encontrado la mutación E484K. “Hicimos la secuenciación, en efecto encontramos esta mutación, pero no el resto que son características de la variante P1, la brasileña.
“Sin embargo, cuando hicimos un análisis filogenómico resulta que estas muestras se ajustan con la variante P.2 de Brasil, que no tiene el mismo impacto en salud pública, como lo tiene la variante P.1., pero tiene una mutación que debe ser analizada”.
La estructura del virus RNA y genómica del SARSCoV2 está compuesto por cerca de 30 mil nucleótidos, es decir, por información genética dividida en proteínas.
“El virus codifica dichas proteínas, entre estas están la envoltura, la espícula y la nucleocápside del virus. Todas estas proteínas están formadas por aminoácidos. Cuando cambia un aminoácido, es cuando estamos hablando de una sustitución o de una mutación. Esto ocurre en virus con características RNA”.
Cuatro variantes circulan en México
El especialista detalló las variantes que circulan en México, o bien son de interés de analizar: la primera es la N501Y, también se le conoce como B.1.1.7, que se detectó en Reino Unido. Tiene 23 mutaciones, ocho en la Spike, asimismo en las características A570D, P681H, entre otras. Está presente en 77 países, en México se han detectado seis casos.
La siguiente variante se detectó en Sudáfrica, conocida como el linaje B.1.351, tiene 21 mutaciones en el genoma, 9 adicionales en la Spike. Se destaca la mutación en los sitios E484K y K417N, tiene implicaciones en la biología del virus. Tiene presencia en 37 países. No se ha detectado un caso en México.
Las brasileñas conocidas como P1, de Brasil, que tiene 17 mutaciones en el genoma, 10 identificados en la espícula Spike, características de esta mutación están en la E484K y K417N. Se presentan en 15 países y hay un solo caso en México.
La cuarta variante B.1.429 + B. 1.427, se llama de California, de Estados Unidos, cuenta con 13 mutaciones en el genoma, cuatro en la Spike. Su variante característica es la S452R. Está presente en 21 países y en México se han detectado 10 casos
El especialista recordó que el virus que genera covid-19 se forma de 30 mil nucleótidos en los que se pueden darse estos eventos conocidas como mutaciones. Se han reportado más de 900 linajes en el mundo.
En la actualidad, el InDRE se encuentra en un proceso de crear una red de secuencia genómica para aumentar el volumen de datos y tener mayor capacidad y número de secuencias “que nos permitan hacer esa vigilancia activa y, en algún momento, podamos definir qué es lo que está ocurriendo, que genotipo y qué linaje podría estar afectando nuestro país”.